На средненагруженном сервере в итоге вышел такой конфиг (по возможности убрано всё лишнее и оставлены лишь необходимые мне настройки):

[mysqld]
default-storage-engine=MyISAM
innodb=OFF
skip-symbolic-links
skip-networking
skip-name-resolve
skip-federated
bind-address = 127.0.0.1

max_connect_errors = 1K
max_join_size=200M
max_allowed_packet=16M

key_buffer_size=128M
query_cache_size = 256M
max_heap_table_size=256M
tmp_table_size=256M

max_connections = 160
thread_cache_size = 160

read_buffer_size = 128K
read_rnd_buffer_size = 256K
join_buffer_size = 256K
sort_buffer_size = 128K

myisam_sort_buffer_size = 512M
table_open_cache = 1K

interactive_timeout = 60
wait_timeout = 60
connect_timeout =20

character-set-server=utf8
collation-server=utf8_general_ci

log_slow_queries = 1
slow_query_log_file = /var/log/mysql-bin.log
long_query_time = 4
#log-queries-not-using-indexes

Подробности:
1) Ставим MyISAM по умолчанию и отключаем ненужные нам вещи:
default-storage-engine=MyISAM
innodb=OFF
skip-symbolic-links
skip-networking
skip-name-resolve
skip-federated

2) Привязываем базу для использования только на нашем сервере:
bind-address = 127.0.0.1

3) Выставляем необходимые максимальные ограничения:
max_connect_errors = 1K
max_join_size=200M
max_allowed_packet=16M

4) Устанавливаем общий буфер, кэш для запросов и max размер для временных таблиц:
key_buffer_size=128M
query_cache_size = 256M
max_heap_table_size=256M
tmp_table_size=256M

5) Максимальное число соединений к базе и ожидающих их процессов:
max_connections = 160
thread_cache_size = 160

6) Буферы на каждый процесс (большие значения типа 1Mb и выше для нас это явно перебор).
read_buffer_size = 128K
read_rnd_buffer_size = 256K
join_buffer_size = 256K
sort_buffer_size = 128K

7) Служебный сортировочный буфер (память постоянно не занимает) и кэш открытых таблиц.
myisam_sort_buffer_size = 512M
table_open_cache = 1K

8) Необходимые таймауты, чтобы отсекать долгие ожидания.
interactive_timeout = 60
wait_timeout = 60
connect_timeout =20

9) Установка кодировки UTF8:
character-set-server=utf8
collation-server=utf8_general_ci

10) По желанию можно добавить логи медленных запросов или неиспользуемых индексов (создайте доступным на запись файл для лога).
log_slow_queries = 1
slow_query_log_file = /var/log/mysql-bin.log
long_query_time = 4
log-queries-not-using-indexes

Отблагодарить можно через форму справа "Donate" ... )

To reward you via the form on the right "Donate" ... )

:)